医院临床科室齐全，脾胃、康复、心力衰竭、中西医结合脑血管病为福建省中医重点专科。体检中心、康复中心、血液净化中心跻身省内领先医疗特色专业。中医骨伤病学专业也是我省"211"工程唯一的中医临床重点学科。肿瘤、泌尿、肛肠、乳腺、颈椎病、老年医学、肝胆外科、医学美容、微创、介入、影像等专业的诊疗技术也有突出的优势。近年来，在坚持中医特色与优势的同时，开展了大量的新技术、新项目，其中肝移植、肾移植、角膜移植手术的例数及成功率均达省内领先水平，13公斤以下儿童肾移植填补国内空白。肝胆结石镜下取石治疗手术、逆行性胰胆管造影（ERCP）、腹腔镜、宫腔镜、关节镜、泌尿系结石和前列腺疾病的腔镜、心脏及外周血管介入治疗、消化道肿瘤、肿瘤围手术期中药治疗等技术已达到国内先进水平。
福建中医药研究院临床研究所、福建中医学院针灸研究所、福建正清司法鉴定所等研究所和研究机构挂靠我院。建有两个国家中医药科研二级实验室、一个中心实验室、一个干细胞实验室。近年来承担卫生部、科技厅等大量科研课题，在国家、省级以上专业刊物发表的论文及获得的国家、省部级等科研成果奖的数量名列全省中医系统前列。开展包含DNA测序、干细胞、指纹图谱的科研实验。
福建中医学院第二临床医学院下设11个临床教研室、2个博士学位授权点和6个硕士学位授权点，每年还招收培养博士和硕士学位研究生40名。医院十分重视加强国际学术交流，每年均派出多名管理人员及技术骨干赴国外及港、澳、台地区学习、考察和学术交流。同时，还邀请国外专家来院进行讲座、学术交流。
医院具有浓厚的中医特色，研制的中医药制剂达200多种。中药处方量每月逾两万张。
医院先后被授予全国卫生系统先进集体、全省先进基层党组织、福建省直精神文明单位、等称号。医院全体医务人员秉承“想病人所想，做病人所想，一切以病人为中心”的服务理念，竭诚为海内外人民的健康提供优质的服务。
